Органы прокуратуры РФ, как и иные федеральные органы власти, организуются в соответствии с административно-территориальным устройством Федерации. В современный период во всех субъектах Федерации (республиках, краях, областях) действуют прокуратуры соответствующих республик, краев и областей. Прокуроры субъектов Федерации назначаются на должность Генеральным прокурором РФ по согласованию с органами власти субъектов Федерации, определенными их конституциями (уставами). Прокуроры субъектов Федерации имеют первых заместителей и заместителей, назначаемых Генеральным прокурором РФ.
Важным системным качеством прокуратуры Российской Федерации является то, что прокуроры субъектов Российской Федерации подчинены и подотчетны Генеральному прокурору РФ и освобождаются им от занимаемой должности.
Прокуроры городов и районов, прокуроры специализированных прокуратур назначаются на должность и освобождаются от должности Генеральным прокурором РФ. Они подчинены и подотчетны вышестоящим прокурорам и Генеральному прокурору РФ.
Прокуроры субъектов РФ руководят деятельностью прокуратур городов, районов и иных административно-территориальных единиц (территориальных округов и областей), входящих в состав соответствующего субъекта Федерации. При этом они издают приказы, указания, распоряжения, обязательные для исполнения всеми подчиненными работниками. Они могут вносить изменения в штатные расписания своих аппаратов и подчиненных прокуратур в пределах численности и фонда оплаты труда, установленных Генеральным прокурором РФ.
Прокуроры городов с районным делением руководят деятельностью районных и приравненных к ним прокуратур, вносят вышестоящим прокурорам предложения об изменении штатной численности своих аппаратов и подчиненных прокуратур, о кадровых изменениях по вопросам, отнесенным к их компетенции.
Все территориальные прокуроры различных уровней осуществляют свои полномочия в соответствии с их компетенцией, установленной Законом о прокуратуре, а также нормами уголовно-процессуального, арбитражного, уголовно-исполнительного, административного и иного федерального законодательства.