С созданием министерств начал оформляться и новый орган- Комитет министров. В Манифесте 1802г. не было четкой регламентации его деятельности, а лишь упоминалось, что министры могли собираться вместе для решения сложных вопросов. Полномочия и формы деятельности Комитета министров вырабатывались на практике. Комитет министров рассматривал вопросы, относящиеся к компетенции нескольких министерств и поэтому требовавшие совместного обсуждения министров. Председательствовал на его заседаниях император.

В 1812г. Комитет министров получил законодательное оформление. В его состав вошли не только министры, но и председатели департаментов Государственного совета, государственный секретарь и другие лица в соответствии с назначением  императора. Комитет министров рассматривал различные вопросы управления страной, ежегодные отчеты министров, дела о «спокойствии и безопасности» страны, проекты законов, дела о награждениях и взысканиях чиновников и т. д. Закон указывал: «Никакое заключение комитета не производится в исполнение до тех пор, пока оно не рассмотрено государем императором и не удостоено его высочайшего утверждения». Со второй четверти 19в., с усилением роли царской канцелярии, значение Комитета министров стало падать.