Основные преобразования по огосударствлению церкви были осуществлены в первой половине 19в. В 1817г. было создано Министерство духовных дел и народного просвещения. Синоду намечалось отвести роль подчиненного органа. Министру передавались административные функции Синода, и устанавливался контроль над его судебной деятельностью. Однако министерство фактически не функционировало и вскоре было упразднено (в 1824г.), поскольку решение о его создании не приняло в расчет экономические условия существования духовенства, сословность церковной организации, исторические и философские корни религии.

Во второй четверти 19в. проводилась более реалистичная политика огосударствления церкви «изнутри» путем передачи в ведение обер-прокурора некоторых сфер деятельности Синода. Это было вызвано также оформлением новой политической доктрины «православие, самодержавие, народность», предусматривавшей укрепление неуклонно утрачиваемого авторитета господствующей церкви. К 30-м годам 19в. в непосредственное подчинение обер-прокурора перешли канцелярия Синода и комиссия духовных училищ. В 1836г. были созданы канцелярия обер-прокурора Синода и хозяйственный комитет, также подчиненные обер-прокурору. Тем самым Синод фактически лишался финансово-хозяйственной функции и контроля над собственным делопроизводством. В итоге исполнительные органы Синода были подчинены обер-прокурору, и высший орган церковного управления практически утратил административные связи с местным аппаратом. Синод оказался отделенным от церкви промежуточными светскими органами. Однако преобладание в аппарате церкви государственных подразделений над собственно церковными не получило законодательного закрепления. Это устраивало обе стороны—самодержавие и духовенство, заинтересованные в затушевывании процесса огосударствления церкви с целью сохранения ее престижа и значения в социально- политической жизни.