Единой судебной системы в стране нет. Судебная система, существовавшая при народно-демократическом режиме 1978-1992 гг., была разрушена. На территориях, контролируемых различными военно-политическими группировками, действуют собственные системы судебных органов. В основном это суды шариата и военные трибуналы (у талибов светских судов нет вообще). Никаких четких правовых рамок судопроизводства не существует, за исключением традиционных исламских процессуальных правил.

Высшим судебным органом талибов является Верховный суд (Стыра махкама). При нем действует "Центральный совет по изданию фетв", состоящий из авторитетных улемов и муфтиев. Этот орган является высшей инстанцией, выносящей окончательное решение относительно соответствия (или несоответствия) шариату тех или иных указов и решений всех ветвей власти, в том числе и самого "повелителя правоверных".