Судебная система включает гражданские и шариатские суды. Последние разделены на суннитские и шиитские отделения, применяющие соответственно шафиитский (либо маликитский) и джафаритский толк мусульманского права (фикх).

Закон 1971 г. о судоустройстве Бахрейна предусматривает создание суннитских и джафаритских судов первой инстанции для рассмотрения дел о дарении и всех вопросов личного статуса мусульман, за исключением споров о наследстве, решаемых гражданскими судами (но также с учетом шариатских норм). Кроме того, мусульманские суды в этой стране выполняют нотариальные функции. Их решения обжалуются в Верховном апелляционном суде, имеющем в своем составе суннитскую и джафаритскую палаты.

В 1989 г. был создан Кассационный суд в качестве высшей судебной инстанции. Этот суд имеет исключительную юрисдикцию по искам, которые поданы одновременно в гражданские и шариатские суды или в шариатские суды разного толка, по разрешению конфликтов между решениями указанных судов, а также юрисдикцию по гражданским и торговым делам и искам, касающимся личного статуса, с участием иностранцев-немусульман.

Собственную систему военных судов имеют Силы обороны Бахрейна, действующие в соответствии с Кодексом военной юстиции.